La finalita' di questa Unita' operativa consiste in:
1) produzione di cloni cDNA a lunghezza completa e caratterizzazione della loro identita' mediante sequenziamento diretto al 5' con l'utilizzo di un sequenziatore a 96 capillari ABI PRISM 3700. Finora sono stati catalogati 18000 cDNA umani a lunghezza completa che vengono utilizzati per la produzione di microarrays.
2) piattaforma cDNA-microarray applicata allo studio di due tipi di tumori umani, ovaio e colon. Questa tecnologia permette tuttora una efficace e fine diagnosi molecolare attraverso l'identificazione di nuove classi, all'interno degli stessi tipi di tumore, accomunate dall'omogeneita' dell'espressione di un alto numero di geni (co-espressione o profilo di espressione simile). L'utilizzo di specifici algoritmi informatici e di data-base dedicate sviluppati presso LNCIB in collaborazione con i Dipartimenti di Informatica delle Universita' di Udine e di Trieste permette la predizione dei geni co-regolati dalle informazioni derivate dall' uso della tecnologia del microarray. Tale processo permette di trasformare la diagnosi molecolare dei tumori analizzati in diagnosi funzionale. Questo deriva dal fatto che i geni co-regolati rappresentano gene-networks e quindi quelle pathways di interazioni molecolari che distinguono funzionalmente le diverse classi di tumori. Poiche' tali pathways costituiscono e specificano i meccanismi biochimici che determinano tali classi di tumori, esse diventano i bersagli per un trattamento farmacologico individualizzato alla classe e quindi estremamente specifico ed efficace.

Progetti in corso:

"Caratterizzazione dei profili di espressione genica nel cancro ovarico"
L'analisi mediante cDNA-microarray di una casistica di 58 tumori ovarici, in collaborazione con INT- Istituto Nazionale Tumori di Milano, ha portato a importanti risultati che mettono in evidenza l'attivazione ed inibizione rispettivamente di 2 percorsi biochimici che sono in stretta associazione con la progressione della malattia stessa.

"Caratterizzazione dei profili di espressione del cancro del colon"
Questo progetto e' appena partito ed utilizza una casistica di circa 100 campioni provenienti da vari Istituti italiani coordinati in un progetto nazionale CNR-Oncologia.

"Caratterizzazione dei profili di espressione genica dipendenti da specifici geni silenziati mediante siRNA"
Questo progetto si prefigge di determinare i geni la cui espressione dipende specificamente dalla funzione di specifici ed importanti regolatori cellulari quali p53(wt vs mut), beta-catenina, smad/TGF-beta che vengono "silenziati" mediante trasfezioni degli specifici siRNAs in varie linee cellulari.

"Ricerca in-silico degli elementi di regolazione genica all'interno dei cloni unici individuati nelle librerie di cDNA umano prodotte dall'LNCIB"
Questo progetto sta portando alla creazione di una banca dati relativa alle sequenze di DNA legate da fattori di trascrizione (TFBS) per i geni/cDNA che vengono caratterizzati nell'ambito dell'attivita' del LNCIB. Un'iniziale valutazione dei programmi già disponibili per l'individuazione di promotori e di altre sequenze regolatrici dell'espressione genica viene seguita dallo sviluppo di procedure più adatte alle esigenze sperimentali La ricerca in oggetto ha come scopo finale la realizzazione di uno strumento specifico (attuato mediante un pacchetto software) per l'individuazione dei TFBS (Transcription Factor Binding Sites) e quindi per l' estrazione dei geni che vengono co-regolati nel contesto dei profili di espressione dei tumori umani.

"Caratterizzazione dei profili d'espressione associati al "silencing" di specifici geni in adeguati sistemi cellulari"
Tesi che prevede l'applicazione del cDNA microarray per l'identificazione dei trascritti la cui regolazione dipende dai geni silenziati.